La dyspraxie est un diagnostic d'exclusion: l'évaluation d'un médecin, souvent un spécialiste en neuropédiatrie ou pédiatre, est nécessaire pour éliminer les causes neurologiques (déficience motrice cérébrale, atteinte lésionnelle, ataxie), génétiques (syndrome de Sotos, syndrome de Turner ou autres), sensorielles ou métaboliques.
Ce diagnostic différentiel est complexe et bien souvent, des évaluations complémentaires en neuropsychologie et psychomotricité sont demandées afin d'aider à préciser le diagnostic. Si les troubles du geste moteur s'expliquent davantage par un autre diagnostic médical (déficience intellectuelle, trisomie 21, trouble envahissant du développement par exemple), on parle alors de troubles praxiques associés plutôt que de dyspraxie.
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